Есть правила выгрузки, но нет регистрации изменений в плане обмена

Главное. 

Планы обмена - это общие объекты конфигурации. Они используются для реализации механизмов обмена данными.
Объекты конфигурации!
И сообщение из заголовка в моем случае (измененной УТ 10.3) означает, что добавленные мной метаданные, в данном плане обмена (Полный т.к. я делал РИБ), а равно и в остальных, не выбраны в его составе!